Cikal bakal Kebun Binatang Ragunan adalah Planten En Dierentuin yang didirikan pada tahun 1864 di daerah Cikini. Tanah seluas sekitar 10 hektar hasil hibah dari pelukis Raden Saleh tersebut oleh Perhimpunan Penyayang Flora dan Fauna di Jakarta (Culturule Vereniging Planten en Dierentuin at Batavia) dijadikan kebun untuk tanaman dan binatang. Pada tahun 1949 namanya diubah menjadi Kebun Binatang Cikini.
Pemerintah DKI Jakarta kemudian memindahkan kebun binatang tersebut ke kawasan seluas 30 hektar di daerah Ragunan dan meresmikannya pada tanggal 22 Juni 1966 dengan mengubah nama menjadi Taman Margasatwa Ragunan. Saat ini taman tersebut lebih populer dengan nama Kebun Binatang Ragunan. Luas kawasan kebun binatang ini mencapai sekitar 140 hektar dengan jumlah satwa sekitar 300 spesies, 4000 spesimen.